Наряду с кузнями и оружейными, апотекарион является одной из самых защищённых частей крепости-монастыря. Здесь апотекарии хранят генетическое наследие Ордена и заботятся о раненых боевых братьях. Космические десантники редко получают тяжёлые ранения: большинство ран недостаточно серьёзны, чтобы убить боевого брата, другие быстро залечиваются или преодолеваются имплантированными органами, внутренним контролем сосудов или метаболическими циклами. К тому времени, когда космодесантник вернется в крепость-монастырь, любые повреждения будут залечены, благодаря сверхорганизму или вовремя оказанной медицинской помощи апотекариев в полевых условиях. Апотекарион используется в тех случаях, когда десантнику нужны новые органы или конечности, или же требуется психохирургия для излечения ментальных травм. Даже эти более сложные комплексные операции быстро проводятся, благодаря быстрому метаболизму и повышенному болевому порогу космического десантника. 
Апотекарион также служит гораздо более важным целям, нежели излечению раненых Астартес. Он выступает как хранилище геносемени Ордена. Это та часть космического десантника, что содержит генетический код и наследие его Примарха. Из этого геносемени апотекарий может создать нового космодесантника, имплантируя его рекруту, выращивая в нём новые органы, меняя его физиологию до тех пор, пока он не разовьётся в полноценного боевого брата. Геносемя содержит одновременно и прошлое, и будущее Ордена, содержа ДНК его величайших героев былых времен также как и потенциал будущих поколений космодесанта.
Чтобы защитить геносемя от порчи или потери, его обычно хранят в спиралевидных стазис-полях: длинных цилиндрических хранилищах с сотнями стазис-контейнеров, каждый содержит защищённый флакон с прогеноидной железой, окружённой блестящей эмбриональной жидкостью. Только Магистр Ордена и Главный Апотекарий имеют доступ к стазису за тяжёлыми адамантиевыми дверями, открывающимися их уникальной биосигнатурой, и к управлению рядам турелей с тяжелыми болтерами, которые непрестанно следят за проходящими.
В обязанности апотекариев входит не только хранение и защита геносемени, но также соблюдение его чистоты. Множество Орденов отвернулись от света Бога-Императора, позволяя порче и мутациям пробраться в геносемя, приводя к безумию и отклонениям среди боевых братьев. Поэтому эта работа проводится только в чистых белых комнатах Апотекариона, и здесь же хранятся биологические открытия и записи апотекариев, содержа секреты, которые должны быть надёжно защищены не только от врагов, но и от союзников.